يوجد في محافظة المفرق ثلاث مديريات للتربية والتعليم وهي : مديرية التربية والتعليم للواء قصبة المفرق, مديرية التربية والتعليم للواء البادية الشمالية الغربية, مديرية التربية والتعليم للواء البادية الشمالية الشرقية. 

التعليم الأساسي والثانوي : 

بلغ عدد المدارس في محافظة المفرق (495) مدرسة تضم (111.443) طالباً, وبلغت نسبة طالب/معلم(13.95) وهي اقل من المعدل الوطني على مستوى المملكة البالغ (16.2) كما بلغت نسبة النجاح في الثانوية العامة (23.1%) وهي اقل من معدل النجاح على مستوى المملكة والبالغ (36.6%).

مؤشرات التعليم للمحافظة :

ابرز مشاكل قطاع التعليم :

-ارتفاع نسبة المدارس المستأجرة وتتركز هذه المشكلة في لواء البادية الشمالية الغربية حيث بلغت نسبة المدارس المستأجرة 36 % من المدارس الموجودة في اللواء في حين تقدر نسبة المدارس المستأجرة على مستوى المحافظة 28 % مقابل 23.7 على مستوى المملكة .

-وتعاني المحافظة من انخفاض نسبة النجاح في الثانوية العامة حيث تبلغ 23.1 % مقارنة مع مؤشر نسبة النجاح على مستوى المملكة والتي تبلغ 36.6 % .

-مزاحمة الطلاب السوريين للأردنيين على مقاعد الدراسة حيث يقدر عددهم ب 140 الف طالب الامر الذي ادى الى تحويل 79 مدرسة الى نظام الفترتين .