تعتبر محافظة المفرق من المناطق الغنية بالمياه الجوفية والعذبة والتي تعتبر رافداً من روافد المملكة بالمياه الجوفية , حيث تحتضن المحافظة أحواض مائية رئيسية هي (العاقب , وسما السرحان).

ويبلغ عدد الابار الارتوازية التي تشرف عليها سلطة المياه (87) بئراً, تزود المحافظة والباقي يوزع على( اربد والزرقاء وقرى شرق جرش), حيث تزود المحافظة ما يقارب 25% من احتياجات المملكة من المياه, كما ويبلغ عدد المشتركين بخدمات المياه حوالي (31536) مشتركاً, في حين يبلغ مجموع أطوال شبكات المياه(2500)كم من مختلف الأطوال.

ابرز مشاكل قطاع المياه:

يعتبر الأردن ثاني أفقر دولة في المياه عالميا وانخفضت حصة الفرد اليومية من المياه من 100لتر إلى 30 لتر مما أدى إلى شراء المياه وارتفاع سعرها إلى أربعة أضعاف في بعض المناطق.

كما أدت زيادة السكان إلى ارتفاع الضغط على شبكات الصرف الصحي ومحطات التنقية والتصريف غير الآمن.

قلة خدمات الصرف الصحي وحاجة الكثير من التجمعات السكانية الكثيفة الى شبكات صرف صحي مثل بعض احياء مدينة المفرق وقرى ايدون والزعتري والسرحان وبلعما .