استناداً لنظام التقسيمات الادارية رقم (46) لسنة 2000 والصادر بمقتضى المادة (120) من الدستور تتألف محافظة المفرق من (4) ألوية و (10) اقضية وهي كالتالي كما في الهيكل التنظيمي:
الجمعة 22 - تشرين الثّاني - 2024
رئاسة الوزراء 
وزارة الادارة المحلية 
وزارة الداخلية 
وزارة التخطيط والتعاون الدولي 
مؤسسة الاذاعة والتلفزيون 
وكالة الانباء الاردنية 